Магістерська програма KSE не схожа на жодну іншу в Україні. Викладання ведеться винятково англійською мовою професорами з Західної Європи або Північної Америки або економістами з України чи сусідніх країн, які отримали західну освіту.
Тривалість магістерської програми складає 2 роки, навчальний план складений у відповідності до програм провідних західних університетів. Програма являє собою поєднання прикладних та теоретичних курсів з основних галузей економічної науки та фінансів. Кожен академічний рік поділений на п’ять двомісячних термів, кожен з семи тижнів аудиторного навчання та одного тижня для самостійного опанування матеріалу, повторення та іспитів.
З 2009-10 академічного року Київська школа економіки пропонує дві магістерські програми: з економічного аналізу та фінансової економіки.
Програма першого року навчання є спільною для обох магістерських програм й складається з річних курсів у основних галузях економічної науки: мікроекономіка, макроекономіка, статистика та економетрика та математика для економістів. Усі студенти першого року навчання будуть вивчати однакові курси в одній групі.
На другому році навчання студенти отримають можливість зробити вибір між магістерською програмою з економічного аналізу та програмою з фінансової економіки. Близько двох третин навчального плану з фінансової економіки займатимуть курси з фінансової економіки та одну третину – курси з загальної економіки, і навпаки – для програми з економічного аналізу. Зокрема, для програми з фінансової економіки студенти мають прослухати біля 10 базових курсів з фінансової економіки та близько 5 вибіркових курсів з економічного аналізу. Для програми з економічного аналізу студенти мають прослухати біля 10 базових курсів з економічного аналізу та близько 5 вибіркових курсів з фінансової економіки.
Більше того, протягом другого року навчання студенти мають взяти п’ять обов’язкових дослідницьких курсів: дослідницький семінар з аналізу економічної політики (терми I-IV) та семінар з написання тезису (терм V). Кожного року курси можуть бути різними в залежності від професорів, які мають змогу викладати.
Протягом другого курсу кожен студент має також написати дослідницьку роботу у відповідності з міжнародними стандартами якості. Зразки студентських магістерських тезисів можна побачити на сторінці http://www.kse.org.ua/library/ma_thesis.html
Орієнтовний перелік курсів для другого курсу, які викладатимуться у 2009-10 академічному році, наведений нижче (можливі зміни):
Магістерська програма з фінансової економіки
Магістерська програма з економічного аналізу
За кожен курс у окремому мінітьормі нараховуються 3 кредити; для отримання магістерської степені потрібно набрати 120 кредитів.